กลไกในการดำเนินงานของอาเซียน มีดังนี้

1. ที่ประชุมสุดยอดอาเซียน (ASEAN Summit) ประกอบด้วย ประมุขหรือหัวหน้ารัฐบาล มีอำนาจหน้าที่ในการกำหนดนโยบายสูงสุดและแนวทางความร่วมมือของอาเซียน และตัดสินใจในเรื่องสำคัญ โดยให้ประเทศสมาชิกซึ่งเป็นประธานอาเซียนเป็นเจ้าภาพจัดประชุม ปีละ 2 ครั้ง หรือเรียกประชุมพิเศษหรือเฉพาะกิจเมื่อมีความจำเป็น
2. คณะมนตรีประสานงานอาเซียน (ASEAN Coordinating Council : ACC) ประกอบด้วยรัฐมนตรีต่างประเทศของประเทศสมาชิกอาเซียน ทำหน้าที่เตรียมการประชุมสุดยอดอาเซียนประสานงานความตกลงและข้อตัดสินใจของที่ประชุมสุดยอดอาเซียน ประสานงานระหว่าง 3 เสาหลัก ดูแลการดำเนินงาน
   และกิจการต่าง ๆ ของอาเซียนในภาพรวม คณะมนตรีประสานงานอาเซียนจะประชุมกันอย่างน้อยปีละ 2 ครั้ง
3. คณะมนตรีประชาคมอาเซียน (ASEAN Community Councils) คณะมนตรีประชาคมอาเซียนประกอบด้วย คณะมนตรีประชาคม 3 เสาหลัก ได้แก่ คณะมนตรีการเมืองและความมั่นคงอาเซียน คณะมนตรีประชาคมเศรษฐกิจอาเซียน และคณะมนตรีประชาคมสังคมและวัฒนธรรมอาเซียน ซึ่งเป็นผู้แทนที่ประเทศสมาชิกต่างตั้งให้เป็นผู้รับผิดชอบของแต่ละเสาหลัก มีอำนาจหน้าที่ในการประสานงานและติดตามการทำงาน
   ตามนโยบาย โดยเสนอรายงานและข้อเสนอแนะต่อที่ประชุมผู้นำ มีการประชุมอย่างน้อยปีละ 2 ครั้ง ประธานการประชุมเป็นรัฐมนตรีที่เหมาะสมจากประเทศสมาชิกซึ่งเป็นประธานอาเซียน
4. องค์กรระดับรัฐมนตรีอาเซียนเฉพาะสาขา (ASEAN Sectoral Ministerial Bodies) ประกอบด้วยรัฐมนตรีเฉพาะสาขา มีหน้าที่ปฏิบัติตามข้อตกลงและข้อตัดสินใจของที่ประชุม สุดยอดอาเซียนที่อยู่ในขอบข่าย
   การดำเนินงานของตน และเสริมสร้างความร่วมมือในสาขาของแต่ละองค์กรให้เข้มแข็งขึ้น โดยในส่วนของประชาคมสังคมและวัฒนธรรมอาเซียน ได้จัดกลไกรองรับการทำงานในระดับรัฐมนตรีเฉพาะสาขาเพิ่มเติมอีกเป็นจำนวนมาก เพื่อรับผิดชอบงานที่เกี่ยวข้องกับประชาคมในแต่ละด้าน ดังนี้
   1. ที่ประชุมรัฐมนตรีสารนิเทศอาเซียน (ASEAN Ministers Responsible for Information : AMRI)
   2. ที่ประชุมรัฐมนตรีอาเซียนที่กำกับดูแลงานด้านวัฒนธรรมและศิลปะ (ASEAN Ministers Responsible for Culture and Arts : AMCA)
   3. ที่ประชุมรัฐมนตรีอาเซียนด้านการศึกษา (ASEAN Education Ministers Meeting : ASED)
   4. ที่ประชุมรัฐมนตรีด้านภัยพิบัติอาเซียน (ASEAN Ministerial Meeting on Disaster Management : AMMDM)
   5. ที่ประชุมรัฐมนตรีอาเซียนด้านสิ่งแวดล้อม (ASEAN Ministers Meeting on the Environment : AMME)
   6. สมัชชารัฐภาคีต่อความตกลงอาเซียนเรื่องมลพิษหมอกควันข้ามแดน (Conference of the Parties to the ASEAN Agreement on Trans-Boundary Haze Pollution : COP)
   7. ที่ประชุมรัฐมนตรีสาธารณสุขอาเซียน (ASEAN Health Ministers Meeting : AHMM)
   8. ที่ประชุมรัฐมนตรีด้านแรงงานอาเซียน (ASEAN Labor Ministers Meeting : ALMM)
   9. ที่ประชุมรัฐมนตรีอาเซียนด้านการพัฒนาชนบทและการขจัดความยากจน (ASEAN Ministers on Rural Development and Poverty Eradication : AMRDPE)
   10. ที่ประชุมรัฐมนตรีอาเซียนด้านสวัสดิการสังคมและการพัฒนา (ASEAN Ministerial Meeting on Social Welfare and Development : AMMSWD)
   11. ที่ประชุมรัฐมนตรีอาเซียนด้านเยาวชน (ASEAN Ministerial Meeting on Youth : AMMY)
   12. กรอบการประชุมอาเซียนว่าด้วยเรื่องข้าราชการพลเรือน (ASEAN Conference on Civil Service Matters : ACCSM)
   13. ศูนย์อาเซียนว่าด้วยความหลากหลายทางชีวภาพ (ASEAN Centre for Biodiversity : ACBD)
   14. ศูนย์ประสานงานงานการจัดการสงเคราะห์ผู้ประสพภัยพิบัติ (ASEAN Coordinating Centre for Humanitarian Assistance in Disaster Management : AHA Centre)
   15. ศูนย์ประชาสัมพันธ์ด้านแผ่นดินไหวอาเซียน (ASEAN Earthquakes Information Centre : AEIC)
   16. ศูนย์พยากรณ์อากาศอาเซียน (ASEAN Specialised Meteorological Centre : ASMC)
   17. เครือข่ายมหาวิทยาลัยอาเซียน (ASEAN University Network: AUN)
   18. ที่ประชุมรัฐมนตรีกีฬาอาเซียน (ASEAN Ministerial Meeting on Sports : AMMS)
   19. ที่ประชุมรัฐมนตรีอาเซียนด้านสตรี (ASEAN Ministerial Meeting on Women : AMMW)
5. เลขาธิการอาเซียนและสำนักเลขาธิการอาเซียน (Secretary-General of ASEAN and ASEAN Secretariat) สำนักเลขาธิการอาเซียน ได้จัดตั้งขึ้นตามข้อตกลงที่ลงนามโดยรัฐมนตรีต่างประเทศอาเซียน ในระหว่างการประชุมสุดยอดอาเซียน ครั้งที่ 1 เมื่อปี 2519 เพื่อทำหน้าที่ประสานงานและดำเนินงาน
   ตามโครงการและกิจกรรมต่าง ๆ ของสมาคมอาเซียน และเป็นศูนย์กลางในการติดต่อระหว่างสมาคมอาเซียน คณะกรรมการ ตลอดจนสถาบันต่าง ๆ และรัฐบาลของประเทศสมาชิก สำหรับสำนักเลขาธิการอาเซียน ตั้งอยู่ ณ จาการ์ตา สาธารณรัฐอินโดนีเซีย โดยมีหัวหน้าสำนักงาน เรียกว่า “เลขาธิการอาเซียน” (ASEAN Secretary-General) ซึ่งได้รับการแต่งตั้งโดยที่ประชุมสุดยอดอาเซียน มีวาระการดำรงตำแหน่ง 5 ปี และต้องได้รับการเลือกจากคนชาติของรัฐสมาชิก โดยหมุนเวียนตามลำดับตัวอักษร ผู้ดำรงตำแหน่งเลขาธิการอาเซียนคนปัจจุบันเป็นคนกัมพูชา คือ E. Mr. Kao Kim Hourn ซึ่งมีวาระดำรงตำแหน่งระหว่างปี 2566-2571 (ค.ศ. 2023-2028)
6. คณะกรรมการผู้แทนถาวรประจำอาเซียน (Committee of Permanent Representative to ASEAN) เป็นผู้แทนระดับเอกอัครราชทูตที่แต่งตั้งจากประเทศสมาชิกให้ประจำที่สำนักงานใหญ่อาเซียน จาการ์ตา สาธารณรัฐอินโดนีเซีย มีหน้าที่สนับสนุนการทำงานของคณะมนตรีประชาคมอาเซียนและองค์กรระดับ รัฐมนตรีเฉพาะสาขา ประสานงานกับเลขาธิการสำนักงานอาเซียน และสำนักงานเลขาธิการอาเซียน
   ในเรื่องที่เกี่ยวข้อง และประสานกับสำนักงานเลขาธิการอาเซียนแห่งชาติ และองค์กรระดับรัฐมนตรีอาเซียนเฉพาะสาขา
7. สำนักงานอาเซียนแห่งชาติ หรือกรมอาเซียน (ASEAN National Secretariat) เป็นหน่วยงานระดับกรมในกระทรวงการต่างประเทศของประเทศสมาชิกอาเซียน ซึ่งแต่ละประเทศได้จัดตั้งขึ้นเพื่อทำหน้าที่รับผิดชอบประสานงาน สนับสนุนภารกิจและความร่วมมือต่าง ๆ เกี่ยวกับอาเซียนในประเทศนั้น ๆ สำหรับประเทศไทยหน่วยงานที่รับผิดชอบ คือ กรมอาเซียน กระทรวงการต่างประเทศ