ไอที มจธ.พัฒนาระบบตรวจยีนส์เพื่อการแพทย์


เด็กไอที มจธ. จบต้นชนปลายวิทยาการคอมพิวเตอร์เข้ากับการแพทย์ นำความรู้จากห้องเรียนพัฒนาระบบประมวลผลเพื่อการทำ Bioinformatics ที่เบ็ดเสร็จในหนึ่งเดียว โดยอัลกอริทึ่มที่ช่วยอำนวยความสะดวกในการตรวจหาการแสดงออกของยีนส์ก่อโรคมะเร็งปอด ประหยัดเวลา และช่วยลดค่าใช้จ่าย


 


เป็นอีกหนึ่งปีที่มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี (มจธ.) ส่งผลงานเข้าประกวดในโครงการ NSC 2016 หรือ National Software Contest การแข่งขันพัฒนาโปรแกรมคอมพิวเตอร์แห่งประเทศไทย ครั้งที่ 18 โดยผลงานจากสองนักศึกษาอย่างนายจตุรงค์ กงมณี และ น.ส.ธันยธร ธนภัทรธีรกุล จากคณะเทคโนโลยีสารสนเทศ หลักสูตรวิทยาการคอมพิวเตอร์ (ภาษาอังกฤษ) ที่สามารถคว้ารางวัลรองชนะเลิศอันดับ 1 โปรแกรมเพื่องานด้านการพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี โดยการแข่งขันในปีนี้เป็นอีกปีที่ไม่มีทีมใดได้รับรางวัลชนะเลิศ


 


จตุรงค์ กล่าวว่า ผลงานนี้เป็นการพัฒนาเว็บแอพพลิเคชั่นที่ช่วยในการประมวลผลเพื่อหาการแสดงออกของยีนส์ ภายใต้หัวข้อการค้นหาโครงข่ายย่อยของยีนส์โดยการใช้แอฟินิตี้ โพรพาเกชั่นคลัสเตอริ่ง และระบบประมวลผลแบบคู่ขนานเพื่อพัฒนาให้เป็นอีกหนึ่งทางเลือกในวิธีหาการแสดงออกของยีนส์ที่สนใจเพื่อใช้ในการวินิจฉัยโรคต่างๆ


 


“จากตอนที่เรียน Bioinformatics ในห้องเรียนรู้สึกว่ามันน่าสนใจเพราะเป็นวิชาที่เกี่ยวกับการประยุกต์ใช้คอมพิวเตอร์เข้ากับทางชีววิทยาการแพทย์โดยเน้นการเก็บรวบรวมและวิเคราะห์ข้อมูลรหัสพันธุกรรม เราเลยพัฒนาระบบการค้นหาการแสดงออกของยีนส์ หรือ gene expression ขึ้นมาเพื่อใช้ตรวจหากลุ่มยีนส์ที่ก่อให้เกิดโรคเพื่อนำผลของกลุ่มยีนส์ที่แสดงออกนั้นไปเทียบ Pathway หาตำแหน่งที่ยีนส์ก่อโรคแสดงออกในส่วนต่างๆ ของร่างกายเพื่อเข้าสู่การวินิจฉัยโรคและรักษาได้ทันท่วงทีต่อไป ทั้งนี้เราเลือกใช้แอฟินิตี้ โพรพาเกชั่นคลัสเตอริ่งอัลกอริทึ่ม ซึ่งเป็นอัลกอริทึ่มที่สามารถช่วยในการจัดกลุ่มข้อมูลของยีนส์ได้อย่างเหมาะสมและค่อนข้างแน่ใจได้ว่ากลุ่มยีนส์ที่ถูกจัดกลุ่มมานั้นมีความเกี่ยวข้องและเหมาะสมกับยีนส์ก่อโรคที่เราต้องการหา เนื่องจากข้อมูลของยีนส์นั้นมีขนาดใหญ่มากตั้งแต่สองหมื่นถึงห้าหมื่นโลคัสจึงต้องมีการนำโปรแกรมคอมพิวเตอร์โดยเฉพาะเทคโนโลยีใหม่ๆ เข้ามาช่วยเพื่อให้เกิดการประมวลผลที่รวดเร็วและแม่นยำมากขึ้นซึ่งระบบที่เราพัฒนาขึ้นก็เป็นอีกหนึ่งทางเลือกใหม่ ที่จะช่วยในการตรวจหาการแสดงออกของยีนส์จำนวนมากๆ ได้”


 


ทางด้าน ธันยธร กล่าวเพิ่มเติมว่า เว็บแอพพลิเคชั่นนี้จะเป็นประโยชน์ต่อนักชีวสารสนเทศที่จะสามารถนำผลไปวิเคราะห์โดยเทียบกับ Pathway ของร่างกายเพื่อวิเคราะห์โรคต่อไปได้ ซึ่งที่ผ่านมามีการนำแอฟินิตี้ โพรพาเกชั่นคลัสเตอริ่งอัลกอริทึ่มมาใช้ประโยชน์ในด้านการวิเคราะห์หาความเหมือนของใบหน้าด้วย


 


“การทำ bioinformatics โดยปกติแล้วต้องผ่านขั้นตอน และใช้หลายโปรแกรมประกอบกัน แต่ระบบที่เราพัฒนาขึ้นนั้นเบ็ดเสร็จอยู่ในระบบเดียว ช่วยอำนวยความสะดวกในการประมวลผลของโปรแกรมช่วยลดเวลา และค่าใช้จ่าย ซึ่งตอนนี้เปิดให้ใช้งานบนเว็บไซต์ได้แล้ว ตอนนี้เรากำลังพัฒนาโมเดลต้นแบบสำหรับการวิเคราะห์โรคมะเร็งปอดให้เสร็จ และหลังจากนั้นก็จะพัฒนาโมเดลของโรคอื่นๆ ต่อไป โดยหวังว่าในอนาคตจะมีคนเข้าถึงระบบดังกล่าวได้มากขึ้น”


 


จตุรงค์ กล่าวทิ้งท้ายว่า ตอนนี้กำลังพัฒนาโมเดลการตรวจหาการแสดงออกของกลุ่มยีนส์ที่ก่อให้เกิดโรคมะเร็งปอดให้สมบูรณ์แบบ โดยการเพิ่ม Classification เพื่อให้ค่าความคลาดเคลื่อนอยู่ในเกณฑ์ที่ยอมรับได้เพื่อตีพิมพ์ในวารสารวิชาการต่อไป และอย่างไรก็ตามระบบที่พัฒนาขึ้นนี้ไม่ใช่วิธีทีดีที่สุด เพราะปัจจุบันนี้การทำ bioinformatics ยังไม่มีวิธีใดที่ได้รับการยอมรับว่าเป็นวิธีที่ให้ผลลัพธ์ที่ดีที่สุดจึงต้องมีการทำ wet lab เพื่อวิเคราะห์ผลร่วมกัน แต่ระบบดังกล่าวนี้เป็นอีกหนึ่งทางเลือกใหม่ที่จะช่วยให้การวิเคราะห์ประมวลผลทำงานได้อย่างสะดวกและรวดเร็วมากขึ้น


 


                        


 


                         


 


ที่มา : http://www.banmuang.co.th/news/education/46386