หลังจาก ตุน ดร.มหาธีร์ โมฮัมหมัด ได้ลาออกจากตำแหน่งนายกรัฐมนตรีเมื่อวันที่ 31 ตุลาคม 2546 ดาโต๊ะ ซรี อับดุลลาห์ อาหมัด บาดาวี ได้ขึ้นดำรงตำแหน่งนายกรัฐมนตรีแทนเมื่อวันที่ 31 พฤศจิกายน 2546 ต่อมาเมื่อวันที่ 21 มีนาคม 2547 มาเลเซียจัดให้มีการเลือกตั้งทั่วไป (หลังการยุบสภาเมื่อวันที่ 4 มีนาคม 2547) ซึ่งผลปรากฏว่า พรรค UMNO และกลุ่มพรรคแนวร่วมแห่งชาติ Barison Nasional (BN) ภายใต้การนำของดาโต๊ะซรี อับดุลลาห์ อาหมัด บาดาวี ได้รับชัยชนะเหนือพรรคร่วมฝ่ายค้าน (BA) ซึ่งมีพรรค PAS เป็นแกนนำ โดยได้คะแนนเสียงข้างมากในสภาผู้แทนราษฎรเกิน 2 ใน 3

พรรคฝ่ายค้านยังคงไม่มีศักยภาพเพียงพอที่จะท้าทายอำนาจและเสถียรภาพของรัฐบาล แม้การก้าวลงจากอำนาจของ ดร.มหาธีร์ อาจส่งผลต่อความเชื่อมั่นและคะแนนนิยมของประชาชนต่อพรรค UMNO ในระดับหนึ่ง แต่ผลการเลือกตั้งทั่วไปในเดือนมีนาคม 2547 แสดงให้เห็นว่า พรรค UMNO ยังคงสามารถเป็นแกนนำของกลุ่ม BN ในการจัดตั้งรัฐบาลต่อไป ประเด็นที่จะบั่นทอนเสถียรภาพและความมั่นคงของพรรครัฐบาลและพรรค UMNO ที่สำคัญได้แก่ ความแตกแยกภายในพรรค UMNO เอง ซึ่งยังคงมีอยู่ในระดับหนึ่งอันเป็นผลสืบเนื่องมาจากความไม่ลงรอยกันระหว่างกลุ่มการเมืองต่าง ๆ ภายในพรรค แม้ว่าจะไม่ปรากฏให้เห็นภาพความขัดแย้งที่แจ้งชัด

เมื่อวันที่ 20-23 กรกฎาคม 2548 พรรค UMNO ได้จัดการประชุมสมัชชาพรรคสมัยสามัญประจำปี 2548 โดยได้ย้ำแนวนโยบายของรัฐบาล คือ
1. การสร้างความเข้าใจต่อประชาคมโลกถึงสาเหตุที่แท้จริงของการก่อการร้าย ชี้แจงว่าศาสนาอิสลามเป็นศาสนาแห่งสันติภาพและต่อต้านการก่อการร้าย และมาเลเซียเป็นประเทศมุสลิมสมัยใหม่ที่สามารถเป็นประเทศคู่ค้า แหล่งลงทุนและแหล่งท่องเที่ยวที่ปลอดภัย
2. มาเลเซียยึดหลักอิสลาม ฮาดอรี (Islam Hadhari) หรืออิสลามสายกลาง และจะต้องไม่ปล่อยให้มีการใช้ศาสนาอิสลามมาเป็นข้ออ้างในการใช้ความรุนแรง
3. ส่งเสริมความสำเร็จทางเศรษฐกิจแบบยั่งยืน ยึดหลักคุณธรรมและขจัดการคอรัปชั่น
4. จากการประกาศนโยบายเศรษฐกิจแผนใหม่ (New Economic Policy – NEP) ซึ่งเริ่มมาตั้งแต่ปี 2513 โดยมุ่งยกระดับความเป็นอยู่ของชาวมาเลย์ภูมิบุตรให้สูงขึ้นนั้น ปรากฏว่านโยบายดังกล่าวประสบผลสำเร็จเป็นบางส่วนเนื่องจากชาวภูมิบุตรบางคนใช้สิทธิพิเศษที่ได้รับไปในทางผิด ดังนั้นจึงต้องมีการแก้ไขปัญหานี้และจะต้องพัฒนาทรัพยากรบุคคลที่มุ่งเสริมสร้างความเข้มแข็งและประสิทธิภาพของชาวมาเลย์

นโยบายความมั่นคงของมาเลเซีย ได้แก่
1. ดำเนินยุทธศาสตร์ทางการเมืองโดยยึดอาเซียนเป็นหลักในการดำเนินความสัมพันธ์กับประเทศมหาอำนาจ เพื่อให้มีการรับรองและปฏิบัติอย่างจริงจังที่จะให้ภูมิภาคเอเชียตะวันออก/ตะวันตก เป็นดินแดนที่เป็นกลางและสันติสุข ทั้งนี้เพื่อให้มาเลเซียปลอดภัยจากการรุกรานจากภายนอก
2. แสวงหามิตรประเทศที่มีศักยภาพทางทหารอย่างเพียงพอที่จะป้องปรามการกระทำใด ๆ อันจะกระทบต่อความมั่นคงปลอดภัยของมาเลเซียตลอดจนการเตรียมกองทัพให้ทันสมัยมีอานุภาพเพียงพอที่จะป้องกันประเทศในระยะต้นก่อนการช่วยเหลือจากมิตรประเทศ
3. พัฒนากองทัพ โดยเฉพาะกองกำลังภาคพื้นดินให้เข้มแข็ง เน้นขีดความสามารถในการทำสงครามตามแบบ (conventional) เพื่อป้องกันการรุกรานจากศัตรูภายนอก
4. ปรับปรุงกองกำลังทางเรือให้สามารถป้องกันการแทรกซึม และการยกพลขึ้นบก ตลอดจนปราบปรามการลักลอบค้าของหนีภาษี และการลักลอบทำประมงในน่านน้ำ

นอกจากนี้ การที่มาเลเซียเคยอยู่ภายใต้การปกครองของอังกฤษและส่วนหนึ่งอยู่ภายใต้การปกครองของไทยมาในอดีต โดยเพิ่งได้รับเอกราชเมื่อปี 2500 และในช่วงเริ่มก่อตั้งประเทศมาเลเซียประสบปัญหากระทบกระทั่งกับประเทศเพื่อนบ้านต่าง ๆ ในเรื่องเขตแดนทั้งอินโดนีเซีย ฟิลิปปินส์ และสิงคโปร์ และบางกรณียังคงยืดเยื้อจนถึงปัจจุบัน ทำให้มาเลเซียมีความอ่อนไหวต่อเรื่องความมั่นคงภายในและในภูมิภาคเป็นอย่างมาก และดำเนินนโยบายด้านการเมืองและความมั่นคงที่มีลักษณะเข้มงวดขาดความยืดหยุ่น อย่างไรก็ดี หลังจากที่สถานการณ์โลกและภูมิภาคปรับเปลี่ยนไปตามกระแสโลกาภิวัฒน์ และโลกไร้พรมแดน มาเลเซียได้ปรับเปลี่ยนนโยบายด้านความมั่นคงให้มีความยืดหยุ่นมากยิ่งขึ้น จึงทำให้สถานะความสัมพันธ์กับประเทศต่าง ๆ ปรับตัวไปในทางที่ดีขึ้น

มาเลเซียยังได้วางนโยบายเศรษฐกิจสืบต่อจาก Vision 2020 คือนโยบายวิสัยทัศน์แห่งชาติ (National Vision Policy: NVP) ซึ่งมีเป้าหมายในการสร้างมาเลเซียให้เป็น “ประเทศที่มีความยืดหยุ่นคงทนและมีความสามารถในการแข่งขัน” โดยจะลดความสำคัญของการลงทุนที่ทำให้เกิดการเจริญเติบโตที่ไม่ยั่งยืนและขาดประสิทธิภาพ และให้ความสำคัญต่อประเด็นใหม่คือ การเติบโตที่ตั้งอยู่บนพื้นฐานของประสิทธิภาพการผลิตโดยรวม โดยจะเน้นการลงทุนที่มีการค้นคว้าและวิจัย (R & D) และเทคโนโลยีสูง ทั้งนี้ เพื่อพัฒนาเศรษฐกิจบนฐานความรู้ (knowledge-based economy) กระตุ้นและเพิ่มพลวัตรของภาคการเกษตร การผลิต และการบริการโดยการใช้ความรู้และเทคโนโลยีวิทยาการ เพิ่มการมีส่วนร่วมของภูมิบุตร ในภาคเศรษฐกิจชั้นนำ และปรับให้มีการพัฒนาการทรัพยากรมนุษย์เพื่อรองรับสังคมบนฐานความรู้ (knowledge-based society)

ในช่วงที่ผ่านมามาเลเซียมีความสัมพันธ์ด้านการเมืองที่ไม่ราบรื่นนักกับประเทศตะวันตก โดยเฉพาะสหรัฐฯ เนื่องจากประเทศตะวันตกมองว่ารัฐบาลมาเลเซียมักใช้กฎหมายว่าด้วยความมั่นคงภายใน (Internal Security Act - ISA) เพื่อผลประโยชน์ทางการเมือง ซึ่งถือเป็นการละเมิดสิทธิมนุษยชน แต่มาเลเซียถือว่าเรื่องดังกล่าวเป็นเรื่องภายในประเทศ และประเทศตะวันตกมักใช้ double standard ในการดำเนินนโยบายกับประเทศต่าง ๆ ทั้งนี้ วิกฤตการณ์ด้านการเงินและการคลังที่เกิดขึ้น
ในประเทศกำลังพัฒนาต่าง ๆ ในปัจจุบัน เป็นผลจากการเปิดเสรีด้านการเงินและการคลัง ซึ่งประเทศตะวันตกผลักดันอย่างแข็งขัน

อย่างไรก็ดี ในด้านเศรษฐกิจมาเลเซียมีการติดต่อการค้า การลงทุน การศึกษาที่ใกล้ชิดกับประเทศตะวันตก โดยเฉพาะอย่างยิ่งอังกฤษ ส่วนหนึ่งเนื่องจากความผูกพันในสมัยอาณานิคมซึ่งส่งผลให้การพัฒนาประเทศเป็นไปอย่างรวดเร็ว

แม้ว่ารัฐบาลมาเลเซียจะประสบความสำเร็จในการแก้ไขปัญหาเศรษฐกิจและส่งผลให้เศรษฐกิจเริ่มฟื้นตัวอย่างเห็นได้ชัดในปี 2545 แต่ความสำเร็จดังกล่าวยังมีอุปสรรคและปัญหาต่าง ๆ แฝงอยู่ ซึ่งสามารถส่งผลกระทบต่อระบบเศรษฐกิจของมาเลเซียโดยรวมได้ อาทิ การลงทุนในโครงการขนาดใหญ่ของรัฐบาลไม่ประสบความสำเร็จเท่าที่ควร แม้ว่าในเบื้องต้นจะมีส่วนช่วยกระตุ้นระบบเศรษฐกิจเป็นอย่างมาก แต่หากโครงการต่าง ๆ เหล่านี้ไม่สามารถบรรลุเป้าหมายที่วางไว้ก็จะส่งผลกระทบอย่างมากเช่นกันต่อระบบเศรษฐกิจโดยรวมของประเทศ อาทิ โครงการก่อสร้างสนามบินนานาชาติแห่งใหม่ ซึ่งปัจจุบันใช้งานไม่ถึงครึ่งของขีดความสามารถและยังไม่สามารถดึงดูดให้สายการบินหลักมาใช้ โครงการก่อสร้างเมืองราชการที่ปุตราจายาซึ่งยังไม่สามารถดึงประชาชนและภาคธุรกิจเข้าไปร่วมอย่างเต็มที่ โครงการ Cyberjaya ซึ่งยังไม่สามารถดึงดูดบริษัทชั้นนำของโลกให้เข้ามาลงทุนได้ตามเป้าหมายที่กำหนด เป็นต้น

เมื่อวันที่ 30 กันยายน 2548 นายกรัฐมนตรีมาเลเซีย (ซึ่งดำรงตำแหน่งรัฐมนตรีว่าการกระทรวงการคลังด้วย) ได้ประกาศแผนงบประมาณประจำปี 2549 ในวงเงินทั้งสิ้น 136.8 พันล้านริงกิต (ประมาณ 1,370 พันล้านบาท) ซึ่งสูงกว่างบประมาณรายจ่ายประจำปี 2548 ถึงร้อยละ 5 แบ่งออกเป็นค่าใช้จ่ายในการบริหารราชการแผ่นดินร้อยละ 75 และอีกร้อยละ 25 เป็นค่าใช้จ่ายสำหรับกิจกรรมด้านการพัฒนา อาทิ การเกษตร โครงสร้างพื้นฐานและอุตสาหกรรม การศึกษา สาธารณสุข การเคหะ การป้องกันประเทศ และอื่นๆ โดยมียุทธศาสตร์สำคัญคือการใช้มาตรการเชิงรุกเพื่อกระตุ้นกิจกรรมทางเศรษฐกิจต่าง ๆ การสร้างบรรยากาศที่เอื้อต่อการประกอบธุรกิจ การพัฒนาทรัพยากรมนุษย์และปรับปรุงคุณภาพชีวิตประชากร

ปัจจุบันมาเลเซียใช้แผนพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติฉบับที่ 9 (2549-2553) ซึ่งในการเปิดประชุมรัฐสภาสมัยที่ 11 เมื่อวันที่ 22 มีนาคม 2548 สมเด็จพระราชาธิบดีแห่งมาเลเซียได้ทรงมีพระราชดำรัสเกี่ยวกับเรื่องนี้ว่าจะมุ่งเน้นการพัฒนาเศรษฐกิจให้มีความเข้มแข็ง ยืดหยุ่นและเป็นธรรม โดยการบริหารจัดการทางการเงินจะต้องเป็นไปอย่างรอบคอบและมีวินัย ทั้งนี้ ในปี 2549 นี้มาเลเซียตั้งเป้าหมายการเจริญเติบโตทางเศรษฐกิจของประเทศไว้ที่ร้อยละ 5.5

นโยบายต่างประเทศ

เดิมนโยบายต่างประเทศของมาเลเซียมีเป้าหมายหลักอยู่ที่การปกป้องและส่งเสริมผลประโยชน์แห่งชาติด้านความมั่นคง เศรษฐกิจ และผลประโยชน์ที่สำคัญอื่น ๆ แต่เมื่อดาโต๊ะซรี ดร.มหาธีร์ บิน โมฮัมหมัด ขึ้นดำรงตำแหน่งนายกรัฐมนตรีมาเลเซียเมื่อปี 2524 นโยบายต่างประเทศมาเลเซียได้หันมาให้ความสำคัญด้านเศรษฐกิจเพิ่มมากขึ้น โดยควบคู่ไปกับการให้ความสำคัญแก่การปกป้องเชิงชาตินิยมอย่างเข้มแข็ง (strong and nationalistic defense) เพื่อรักษาสิทธิผลประโยชน์ รวมทั้งให้การสนับสนุนความร่วมมือระหว่างประเทศกำลังพัฒนาด้วยกัน (south-south cooperation)

2. ด้านการเมือง
ความสัมพันธ์ระหว่างไทยกับมาเลเซียได้พัฒนาแน่นแฟ้นจนมีความใกล้ชิดกันมาก เนื่องจากทั้งสองประเทศมีผลประโยชน์ร่วมกันหลายประการ การแลกเปลี่ยนการเยือนในระดับต่าง ๆ ทั้งระดับพระราชวงศ์ชั้นสูง รัฐบาล และเจ้าหน้าที่ ทั้งอย่างเป็นทางการและไม่เป็นทางการ เป็นไปอย่างสม่ำเสมอ แต่แม้ว่าสองฝ่ายจะมีความสัมพันธ์ที่ใกล้ชิดกัน ก็ยังคงมีประเด็นปัญหาในความสัมพันธ์ ซึ่งต้องร่วมมือกันแก้ไข อาทิ การปักปันเขตแดนทางบก บุคคลสองสัญชาติ การก่อความไม่สงบในจังหวัดชายแดนภาคใต้ เป็นต้น

นโยบายของไทยต่อมาเลเซียเน้นมุ่งส่งเสริมความไว้เนื้อเชื่อใจระหว่างกัน และสร้างพื้นฐานที่เข้มแข็งให้ความสัมพันธ์ทุกระดับงอกงามอยู่บนพื้นฐานของการใช้เหตุผล เคารพซึ่งกันและกันในฐานะประเทศเพื่อนบ้านที่ดี เพราะเหตุการณ์ในประเทศหนึ่งย่อมจะส่งผลเกื้อหนุนหรือกระทบต่ออีกประเทศหนึ่งอย่างหลีกเลี่ยงไม่ได้

3.ด้านเศรษฐกิจ
การค้า
ปี 2547 ไทยกับมาเลเซียมีมูลค่าการค้ารวม 443,397.67 ล้านบาท (ไทยขาดดุลการค้า 8,003.96 ล้านบาท) ขยายตัวจากปี 2546 ร้อยละ 29.42 ในจำนวนนี้ ครึ่งหนึ่งเป็นปริมาณการค้าชายแดนซึ่งมีมูลค่าการค้ารวมถึง 233,356.63 ล้านบาท (ไทยได้ดุลการค้าชายแดน 100,469.53 ล้านบาท) ผ่านด่านศุลกากรทั้ง 10 แห่งใน 5 จังหวัด (สตูล สงขลา ยะลา นราธิวาส และปัตตานี) การค้าที่มีต่อกันส่วนหนึ่งเป็นการส่งสินค้าผ่านแดนเพื่อไปจำหน่ายในประเทศที่สาม ซึ่งไทยก็ได้รับความสะดวกในการส่งสินค้าผ่านแดนไปตลาดสิงคโปร์ และการส่งออกผ่านสิงคโปร์ด้วย

การลงทุน
ปี 2547 ชาวมาเลเซียลงทุนในไทยมากเป็นอันดับ 4 คิดเป็นมูลค่า 13,235 ล้านบาท ส่วนใหญ่เป็นการลงทุนด้านอุปกรณ์และชิ้นส่วนอิเลกทรอนิกส์ และในปีเดียวกันธุรกิจไทยลงทุนในมาเลเซียด้านการผลิตเครื่องจักร เครื่องมือขนส่ง อาหารและเคมีภัณฑ์ คิดเป็นมูลค่า 9.7 ล้านดอลลาร์สหรัฐ หรือประมาณ 400 ล้านบาท

การท่องเที่ยว
ปี 2547 นักท่องเที่ยวมาเลเซียเดินทางมาท่องเที่ยวในไทยรวมทั้งสิ้น 1,391,379 คน (เป็นอันดับ 1 ของนักท่องเที่ยวต่างประเทศ) และนำรายได้เข้าไทยกว่า 4 หมื่นล้านบาท ขณะที่นักท่องเที่ยวไทยเดินทางไปมาเลเซีย 1,518,452 คน ทำรายได้ให้มาเลเซีย 3,000 ล้านริงกิต (กว่า 3 หมื่นล้านบาท)

4. สังคมและวัฒนธรรม
ไทยกับมาเลเซียมีความร่วมมือในระดับท้องถิ่นอย่างใกล้ชิด เนื่องจากความสัมพันธ์ที่มีมาอย่างต่อเนื่องของประชาชนในพื้นที่ ประชาชนทั้งสองฝ่ายติดต่อแลกเปลี่ยนการไปมาหาสู่กัน ทั้งในด้านเศรษฐกิจ การค้า การศึกษา และการเยี่ยมเยียนในฐานะเครือญาติ มีโครงการเชื่อมโยงเส้นทางคมนาคมระหว่างกัน รวมทั้งความร่วมมือด้านการบริหารจัดการสัญจรข้ามแดน เพื่ออำนวยความสะดวกให้แก่ประชาชนในพื้นที่และส่งเสริมการติดต่อด้านการค้าและการท่องเที่ยวระหว่างกัน นอกจากนี้ ทั้งสองฝ่ายยังอนุญาตให้คนสัญชาติของอีกฝ่ายหนึ่งที่อาศัยอยู่ในพื้นที่ชายแดนให้สามารถใช้บัตรผ่านแดนซึ่งออกให้โดยหน่วยงานปกครองท้องถิ่นของแต่ละฝ่าย เดินทางผ่านด่านพรมแดนระหว่างกันได้แทนการใช้หนังสือเดินทาง

ไทยและมาเลเซียยังมีความร่วมมือกันในด้านศาสนา โดยมีการแลกเปลี่ยนการเยือนของผู้นำศาสนาอิสลาม ทั้งในระดับจุฬาราชมนตรีและผู้นำศาสนา ทั้งจากส่วนกลางและในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ เพื่อส่งเสริมความร่วมมือด้านกิจการศาสนา
อิสลาม อาทิ การแลกเปลี่ยนข้อมูลด้านการบริหารจัดการโรงเรียนสอนศาสนาอิสลามและวิทยาลัยอิหม่าม เป็นต้น

5. ความตกลงที่สำคัญกับไทย มีอาทิ
1. ความตกลงว่าด้วยการส่งผู้ร้ายข้ามแดน (ลงนามเมื่อวันที่ 20 พฤศจิกายน 2455)
2. ความตกลงว่าด้วยการอำนวยความสะดวกของการเดินรถไฟ (ลงนามเมื่อปี 2465)
3. ความตกลงว่าด้วยการจราจรข้ามแดน (ลงนามเมื่อปี 2483)
4. ความตกลงว่าด้วยการคมนาคมและขนส่งทางบก (ลงนามเมื่อวันที่ 1 มกราคม 2497)
5. ความตกลงว่าด้วยการเดินรถไฟร่วม (ลงนามเมื่อวันที่ 20 พฤษภาคม 2497)
6. ความตกลงว่าด้วยการยกเว้นการตรวจลงตราหนังสือเดินทางทูตและราชการ (ลงนามเมื่อวันที่ 24 ตุลาคม 2505)
7. ความตกลงว่าด้วยการบริการเดินอากาศ (ลงนามเมื่อวันที่ 18 พฤศจิกายน 2509)
8. ความตกลงว่าด้วยการศุลกากร (ลงนามเมื่อวันที่ 9 พฤษภาคม 2511)
9. ความตกลงว่าด้วยการยกเว้นการตรวจลงตรา (ลงนามเมื่อวันที่ 12 มกราคม 2513)
10. ความตกลงว่าด้วยความร่วมมือทางการประมง (ลงนามเมื่อวันที่ 16 มกราคม 2514)
11. ความตกลงว่าด้วยการสำรวจและปักปันเขตแดน (ลงนามเมื่อวันที่ 8 กันยายน 2515)
12. ความตกลงว่าด้วยการจัดตั้งองค์กรร่วมมาเลเซีย - ไทย (ลงนามเมื่อวันที่ 21 กุมภาพันธ์ 2522)
13. ความตกลงว่าด้วยความร่วมมือทางการเกษตร (ลงนามเมื่อวันที่ 26 กุมภาพันธ์ 2522)
14. ความตกลงว่าด้วยการแบ่งเขตทางทะเล / ทะเลอาณาเขต (ลงนามเมื่อวันที่ 24 ตุลาคม 2522)
15. ความตกลงว่าด้วยการแบ่งเขตไหล่ทวีป (ลงนามเมื่อวันที่ 24 ตุลาคม 2522)
16. บันทึกความเข้าใจว่าด้วยการขนส่งสินค้าเน่าเสียง่ายผ่านแดนมาเลเซียไปยังสิงคโปร์ (ลงนามเมื่อวันที่ 24 พฤศจิกายน 2522)
17. ความตกลงว่าด้วยการขนส่งสินค้าไป-กลับระหว่างฝั่งตะวันออกกับฝั่งตะวันตกของมาเลเซียผ่านแดนไทยโดยการรถไฟแห่งประเทศไทย (ลงนามเมื่อวันที่ 19 เมษายน 2523)
18. ความตกลงว่าด้วยการยกเว้นการเก็บภาษีซ้อน (ลงนามเมื่อวันที่ 29 มีนาคม 2525)
19. บันทึกความเข้าใจว่าด้วยการศึกษาความเป็นไปได้ในการพัฒนาลุ่มน้ำโก-ลก (ลงนามเมื่อเดือนพฤษภาคม 2526)
20. ความตกลงว่าด้วยการจัดตั้งคณะกรรมาธิการร่วมไทย-มาเลเซีย (ลงนามเมื่อวันที่ 29 มิถุนายน 2530)
21. ความตกลงว่าด้วยการเดินเรือข้ามฟากบริเวณปากแม่น้ำโก-ลก (ลงนามเมื่อวันที่ 26 กรกฎาคม 2533)
22. บันทึกความเข้าใจว่าด้วยความร่วมมือด้านการศึกษา (ลงนามเมื่อวันที่ 25 พฤษภาคม 2536)
23. ความตกลงว่าด้วยการส่งเสริมและคุ้มครองการลงทุน (ลงนามเมื่อวันที่ 10 กุมภาพันธ์ 2538)
24. บันทึกความเข้าใจว่าด้วยความร่วมมือด้านยางพารา (ลงนามเมื่อวันที่ 17 กันยายน 2542)
25. ความตกลงว่าด้วยความร่วมมือชายแดน (ลงนามเมื่อวันที่ 18 พฤษภาคม 2543)
26. ความตกลงว่าด้วยการค้าทวิภาคี (ลงนามเมื่อวันที่ 6 ตุลาคม 2543)
27. บันทึกความเข้าใจว่าด้วยการจัดทำ Bilateral Payment Arrangement (Account Trade) (ลงนามเมื่อวันที่ 27 กรกฎาคม 2544)
28. บันทึกความเข้าใจว่าด้วยความร่วมมือ 3 ฝ่าย ด้านยางพารา อินโดนีเซีย - มาเลเซีย – ไทย (ลงนามเมื่อวันที่ 8 สิงหาคม 2545)
29. บันทึกความเข้าใจเพื่ออำนวยความสะดวกด้านพิธีการในการเคลื่อนย้ายสินค้า (ลงนามเมื่อวันที่ 28 กรกฎาคม 2546)
30. บันทึกความเข้าใจว่าด้วยความร่วมมือระหว่างตลาดหลักทรัพย์ไทยกับมาเลเซีย (ลงนามเมื่อวันที่ 28 กรกฎาคม 2546)

6. การเยือนของผู้นำระดับสูง
ฝ่ายไทย
พระราชวงศ์
- เมื่อวันที่ 8 กันยายน 2544 สมเด็จพระเจ้าพี่นางเธอเจ้าฟ้ากัลยาณิวัฒนาฯ
กรมหลวงนราธิวาสราชนครินทร์ เสด็จเยือนมาเลเซีย
- เมื่อวันที่ 25 เมษายน 2547 สมเด็จพระนางเจ้าฯ พระบรมราชินีนาถเสด็จฯ เยือนรัฐกลันตันอย่างเป็นทางการ ตามคำกราบบังคมทูลเชิญของสุลต่านแห่งรัฐกลันตัน เพื่อทรงร่วมเสวยพระกระยาหารค่ำในวโรกาสที่สุลต่านแห่งรัฐกลันตันทรงครองราชย์ครบ 25 ปี
- เมื่อวันที่ 15 พฤศจิกายน 2547 สมเด็จพระนางเจ้าฯ พระบรมราชินีนาถเสด็จฯ เยือน
รัฐกลันตันเพื่อทรงร่วมงานเลี้ยงพระกระยาหารค่ำในวโรกาสพิธีอภิเษกสมรสของมกุฏราชกุมารรัฐกลันตันกับ น.ส.กังสดาล พิพิธภักดี (สตรีไทยที่มีภูมิลำเนาที่ จ.ปัตตานี)

รัฐบาล
- เมื่อวันที่ 24-25 เมษายน 2544 นายกรัฐมนตรีเยือนมาเลเซียอย่างเป็นทางการ
- เมื่อวันที่ 8 กันยายน 2544 นายกรัฐมนตรีเยือนมาเลเซียเพื่อร่วมพิธีเปิด SEA GAMES
- เมื่อวันที่ 8-9 มีนาคม 2544 รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศเยือนมาเลเซียอย่างเป็นทางการ
- เมื่อวันที่ 27 -28 กรกฎาคม 2546 นายกรัฐมนตรีเยือนเกาะลังกาวีเพื่อประชุมหารือประจำปี (Annual Consultation) ครั้งที่ 1
- เมื่อวันที่ 6 มีนาคม 2547 รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศเยือนมาเลเซียในฐานะผู้แทนพิเศษของนายกรัฐมนตรี
- เมื่อวันที่ 12 เมษายน 2547 นายกรัฐมนตรีเยือนมาเลเซีย
- เมื่อวันที่ 9-12 มิถุนายน 2548 รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศเยือนมาเลเซียอย่างเป็นทางการ
- เมื่อวันที่ 9-10 สิงหาคม 2548 รองนายกรัฐมนตรี (นายสุรเกียรติ์ เสถียรไทย) เดินทางเยือนมาเลเซียในฐานะผู้แทนพิเศษ (Special Envoy) ของนายกรัฐมนตรีเพื่อหารือเรื่องความร่วมมือด้านความมั่นคง
- เมื่อวันที่ 20 ตุลาคม 2548 รองนายกรัฐมนตรี (นายสุรเกียรติ์ เสถียรไทย) เยือนมาเลเซียในฐานะผู้แทนพิเศษ (Special Envoy) ของนายกรัฐมนตรี เพื่อเข้าร่วมพิธีศพภริยานายกรัฐมนตรีมาเลเซีย
- เมื่อวันที่ 27 ตุลาคม 2548 รองนายกรัฐมนตรี (พลตำรวจเอกชิดชัย วรรณสถิตย์) เดินทางเยือนมาเลเซีย

ฝ่ายมาเลเซีย
พระราชวงศ์
- เมื่อวันที่ 27-30 มีนาคม 2543 สมเด็จพระราชาธิบดีและสมเด็จพระราชินีแห่งมาเลเซีย เสด็จฯ เยือนไทยอย่างเป็นทางการในฐานะพระราชอาคันตุกะของพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวและสมเด็จพระนางเจ้าฯ พระบรมราชินีนาถ